Ciao e benvenuto.
Allora nelle impostazioni dovresti dare un'occhiata su filtri e collegamenti (ma penso che l'hai già fatto) ... winhttrack non funziona su siti come megaupload e varie (per scaricare i files e ovviare il tutto). (i filtri vanno in base al + se sono accettati e al - se sono rifiutati) penso che se ti salta il file zip , perchè hai rifiutato il php, mi sa perchè devi "passare" di lì.
però se sai la destinazione (cioè l'indirizzo preciso del file zip ... ad es:
http://prova.com/file.zip ) puoi usare il programmino che sta nella sezione download del sito :
http://overthewebs.net/downloads/progra ... egory.html (per vedere la pagina del download)
http://overthewebs.net/downloads/downlo ... /wget.html (per scaricarlo direttamente)
una volta scaricato apri il prompt dei comandi posizionati nella cartella dove sta wget e scrivi :
wget indirizzo.del.file.zip
premi invio e te lo scarica direttamente sul pc.
(se vuoi evitare ogni volta di andare nella cartella di wget... copia l'eseguibile nella cartella system32 di windows e lo puoi lanciare senza che vai dentro la cartella dove si trova)